Para conocer la historia del Muelle de las Carabelas hay que situarse en la fechas previas al Quinientos Aniversario del Descubrimiento de América, en esta época, el Estado español llevó a cabo un proyecto cultural, educativo, científico, económico y social con dos objetivos: repetir el primer viaje colombino, y potenciar la investigación sobre las tres naves descubridoras – la Nao Santa María y las carabelas Pinta y Niña –.

En el año 1983 se iniciaron los trabajos de investigación que permitieron avanzar en el conocimiento de cómo eran estas naves, para posteriormente construirlas para volver a navegar sobre la estela de sus homónimas que partieron el 3 de agosto de 1492 desde Palos de la Frontera, por deseo expreso de los Reyes Isabel y Fernando.

Para llevar a cabo la construcción de estas réplicas, la Sociedad Estatal Quinto Centenario, en colaboración con la Armada Española, encargó la dirección del proyecto al Instituto de Historia y Cultura Naval.

Elegidas las tripulaciones y seleccionados los mandos y oficiales de cada una, el día 3 de agosto de 1990, la “Santa María”, la “Pinta” y la “Niña”, iniciaron desde Palos de la Frontera una travesía por puertos españoles y europeos, para finalizar su periplo recalando en la Exposición Universal de Sevilla de 1992.

Para culminar con los objetivos previstos, la Sociedad Estatal Quinto Centenario llegó a un acuerdo con la Diputación Provincial de Huelva para varar definitivamente estas naves en Huelva, no sólo por ser el origen sino por ser el lugar de tal efemérides. La construcción del edificio fue llevada a cabo por el Arquitecto Pluvio Fernández Heredia, siendo inaugurado el 15 de marzo de 1994.