Debido a un fuerte conflicto del Real Club Recreativo de Huelva con la Federación Regional del Sur, el club tuvo que cambiar de nombre si quería seguir participando en competiciones oficiales. Así hizo, llamándose durante ese tiempo Onuba F.C., y se inscribió en la Federación de Fútbol del Oeste, compitiendo al margen de la Federación Regional del Sur.
Fue el 25 de octubre de 1931, en un partido entre el Recreativo de Huelva y el Betis, la gota que colmó el vaso de la junta directiva onubense. Ambos equipos se jugaban la segunda plaza y, con ella, el derecho a participar en el Campeonato de España. Finalmente el equipo onubense perdió por 1-2 en el campo de El Velódromo, con una serie de actuaciones del árbitro sevillano muy discutidas por la grada. Hasta tal punto llegó que el gobernador civil, el Sr. Cano López, decidió tomar parte en el asunto, por riesgo de grave altercado de orden público. Éste multó al árbitro y al jugador del Betis Velasco, acusados de generar desórdenes públicos, con 500 pesetas.
La Federación Regional del Sur también tomó cartas en el asunto y multó al Recreativo de Huelva con 17.000 pesetas, cantidad muy elevada a la par que ilegal, dado que el máximo de multa que se permitía en el reglamento vigente era de 2.600 pesetas. Este hecho terminó de encender la mecha de la Junta directiva onubense, que decidió darse de baja en dicha federación.
Con el fin de evitar más confrontamientos, el Recreativo tuvo que cambiar de nombre Onuba fútbol club, el cual años más tarde, en 1940, cambiaría por el de Club Recreativo Onuba para, ya en 1945, pasarse a llamar de nuevo “Real Club Recrerativo de Huelva”.